Het Molenfonds is door De Hollandsche Molen opgericht om zoveel mogelijk middelen voor groot onderhoud en restauraties van molens samen te brengen. Het Molenfonds is thans gevormd door financiële bijdragen van de BankGiro Loterij, de Gravin van Bylandt Stichting en het Ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschappen.
Als dé vereniging voor het behoud van de wind- en watermolens in Nederland beheert De Hollandsche Molen het Molenfonds. Het Molenfonds is de financiële basis voor de bescherming van molens in Nederland. Het fonds draagt onder meer bij aan projecten op het gebied van (groot) onderhoud, voorlichting, en incidenteel ook aan restauraties. Er zijn drie mogelijkheden.